专栏名称: 生信媛

生信媛，从1人分享，到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程，持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。

单细胞测序数据分析：软件安装篇

生信媛 · 公众号 · 生物 · 2017-06-22 16:38

正文

biocLite("scater")

mvoutlier: scater用于自动化异常值检测

install.packages("mvoutlier")

statmod: mvoutlier的依赖包

install.packages("statmod")

RUVSeq

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RUVSeq")

pcaReduce

devtools::install_github("JustinaZ/pcaReduce")

pcaMethods ： pcaReduce的依赖包，

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("pcaMethods")

SC3

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