正文
进入崇祯年间
后，形势一变，同样刚刚上任的皇太极实行了与努尔哈赤完全不同的治辽政策，熟悉儒学的皇太极对雄踞天下有了更大的野心，深谙与明朝争锋必须将汉民纳入自己的军政体系。以此促进战力提升。于是皇太极屡下谕旨，主要政策有：强调宽待辽东汉人，“我国中汉官、汉民，从前有私欲潜逃，及今奸细往来者，事属以往，虽举首，概置不论”；强调满汉一体，“凡审拟罪犯，差徭公务，毋致异同”。这样的政策之下，辽东地区建州女真与汉民之间的尖锐矛盾得到缓解，作为毛文龙所部历次作战中依靠辽民“处处扑杀虏级……响应奔赴，不可胜计”的局面日益稀少。以实际情况来看，毛文龙所部在对抗建州女真的战斗中总体败多胜少，其经过“修饰”的战报中斩首献酋数目也大多为数十或数百人，并不能造成对建州女真的实质性打击，其战略意义主要在于从侧翼袭扰与牵制，一旦辽民反抗的热情丧失，东江镇的战争潜力与作战效果便会锐减。
除了人口资源，毛文龙在皮岛从容指挥对后金作战的大环境就是从朝鲜王国处获得“毛饷”接济，同时享有在朝鲜北部地区自由的军事通行权以及来自朝鲜的情报共享与军事协作。
然而这一稳定的盟友与外部环境却在崇祯皇帝登基的当年
（1627）
发生了巨大动摇。当年正月，皇太极命阿敏、济尔哈朗、阿济格、杜度、岳讬
（tuō）
、硕讬诸贝勒统兵出征朝鲜，数万建州铁骑一路击破朝鲜义州、安州，十五日之内占领平壤，同时顺道击破了毛文龙在朝鲜的重要基地铁岛，逼得朝鲜仁宗远走江华岛，最终朝鲜战败签订平壤之盟，迫与后金结为兄弟之国，建立外交关系，同时在义州开放互市，遣返辽东逃人。这次战败不仅让毛文龙丧失了在朝鲜自由军事通行的便利，更丧失了朝鲜的信任。朝鲜人在战后给明朝的奏报中表示，“毛镇驻扎岛中，势未及出海而相援”，以致他们迫不得已缔结屈辱盟约。
此战之
后，毛文龙所在的东江镇与朝鲜的战略同盟关系彻底终结，朝鲜仁祖甚至直言毛文龙“与禽兽无异”。此战之后所谓毛文龙捣巢覆穴种种虚说，亦悉归于无踪，所谓的东江牵制也基本走向末路，毛文龙曾经稳定的同盟也消弭于无形，只得在皮岛辽海上孤军奋战。朝鲜文人沈光世的诗歌反映了当时朝鲜人对毛文龙的心态的变化：
毛将昔来此，义气能感人。东人皆爱慕，欲使其志伸。自从名位高，诚意渐不纯。
后房拥爱妾，府藏堆金银。
入保不出陆，畏死却逡巡。
所为既如此，何日清胡尘？
以是我天朝，终困于女真。
东江镇属下能征善战的主力军就是投奔毛文龙的辽人军民，这曾经也是毛文龙东江军纵横海上的核心所在。当时辽人这一特殊身份让这批桀骜的军人从一开始就与明朝中央政府存在隔阂。
当时辽东境
内的高丽、蒙古、女真等族由于长期与汉族长期通婚杂居而逐渐汉化，辽东汉人在民族聚居与军事化中形成了豪爽、粗犷、“性悍善骑射”，兼有塞外生活特色的“边民”。明代关内汉族人以“辽人”称呼辽东汉人，显然是将山海关内、外之汉族人区别开来，暗含了一定的地域偏见。而17世纪初，以太监高准两次祸乱辽东激起民变为代表，辽人对居于内地的明王朝同样有“四大恨”之说：
军兴以来，援卒之欺凌诟谇，残辽无宁宇，辽人为一恨。
军夫之破产卖儿，贻累车牛，辽人为再恨 。
至逐娼妓而并及张、刘 、田三大族，拔二百年难动之室家，辽人为益恨。
至收降夷而杂处民庐，令其淫污妻女，侵夺饮食，辽人为愈恨。
辽人内心的怨恨与明朝关内军民对辽人的偏见让双方矛盾不断激化，并在崇祯年间达到顶峰。在随后的吴桥兵变
（崇祯四年，1631）
之中，随毛文龙攻占镇江
（今辽宁丹东）
的勇将孔有德
（毛文龙养孙，赐名毛永诗）
与“骁勇喜战”的耿仲明
（毛文龙养孙，赐名毛有杰）
也在辽人与山东军民的矛盾中全面反叛。先是吴桥县
（当时隶属山东）
在孔有德军队沿途闭门罢市，后又因士兵偷吃当地大户一只鸡而引发流血冲突，导致孔有德等人反叛。而当登莱巡抚孙元化想要利用同为辽人的耿仲明招抚孔有德等人时，山东登莱当地的民众竟然“以尚有辽人在城中者，绅民必欲搜戮辽人”，从而迫使耿仲明勾连叛军开城，导致登莱亦全部沦陷，最终携带大量军民投降后金。辽人的处境和心态决定了这支海陆兼备的强军很难全心全力为崇祯的海上战略效力。
