重测序分析流程及分析经验介绍

运行 bwa index -a bwtsw ref.fa 将得到 ref.fa.amb，ref.fa.ann，ref.fa.bwt，ref.fa.pac，ref.fa.sa 5个文件，这些文件是 BWA mapping 时所必须的。

对于比较大的基因组，比如火炬松基因组有 22G ，运行时间会超过 10 个小时 (同时也取决于 CPU 的计算能力)。

运行Picard 的 CreateSequenceDictionary 将得到 ref.dict，其描述参考基因组的内容，如下图所示：

对于比较大或者比较碎的基因组，比如火炬松 22G 基因组，会出现 java 运行错误，提示 java 虚拟机内存不足。 这时，即使改变 java 运行参数 (比如设置 Xmx 等) 也不能正常运行 ， 千万不要耗费时间 在 这里！

由于 .dict 文件只是 GATK 必须的，如果你的基因组很大不能建立 .dict， 可以考虑换成 BWA + Samtools + Bcftoos 流程，或者自己写代码生成 .dict 文件。