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一篇文献解读基于mRNA表达谱数据的PPI网络分析

生信杂谈  · 公众号  ·  · 2017-07-18 23:48

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其次是网络拓普结构分析。

使用 NetworkAnalyzer 进行拓普分析。由于如果某个网络节点度满足 幂律分布 则表示这个网络属于 无尺度网络 。PPI网络也遵循这一定律。为了验证上面的三个ppi网络是否是无尺度网络,作者做了三个网络(下调的、上调的和总体的)的节点度分布:

发现这三个网络都是满足幂律分布的,这就表明PPI网络是无尺度的。为什么要证明这个呢,其实这个和 WGCNA 分析的原理是一样的,出发点就是在一个调控网络中起关键作用的节点是很少的,但存在这样的起关键作用的节点。然后进行寻找这样的 hubs (中心枢纽) 。

作者不光在 HPRD 中寻找蛋白相互作用关系,还使用了 STRING 数据库的(这个库里不光有实验验证的,还有生信预测的相互作用结果)。然后再作节点度分析,发现使用两个数据库都能得到相似的结果,下面是 STRING 数据库的度分布结果:

使用两个数据库的数据来验证,表明他们的DEGs PPI网络是可靠和稳定的。


接下来是PPI网络中蛋白的亚细胞定位。

蛋白亚细胞定位的数据是从 Uniprot 中获得的。然后每个蛋白的亚细胞定位数据导入 Cytoscape 作为一列,使用 Cytoscape 的插件 Cerebral (http://www.pathogenomics.ca/cerebral/)  即可构建基于亚细胞定位的PPI网络,如下图:







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