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民国时期有关拈花寺的资料不多，但有一点可以肯定，在整个30年代，它的最大功德主是北洋军阀吴佩孚。亲莲老尼师回忆印证如此。军阀的事情权且不论，后人还是对吴佩孚在日本人占领北平期间所表现的爱国风骨给与肯定的。吴佩孚1939年过世，其移灵送殡轰动整个北平城，从东四什锦花胡同吴公馆至鼓楼大街大石桥胡同拈花寺，灵车几乎走了整整一天。当时的京城百姓自发地沿街道聚集，人潮如海。殡队途中数次路祭，不断停留。当时报纸称，送殡吴佩孚是北平自民国建国后罕见盛举。
拈花寺往东有一片归属寺院的菜地，这里兴建了武圣祠，吴佩孚的灵柩便供奉于此。这块拈花寺的菜园后来改建为大石桥小学，现在的位置为大石桥胡同10号院，是一个小规模的单位院落，距离拈花寺不到300米。吴佩孚灵柩在此停厝达七年之久。这么长时间的拖延是因为抗日战争直到1945年结束，所谓“国葬”无法进行。至1946年，国民党政府对吴佩孚坚守民族气节给与高度评价，下褒奖令并实行国葬，蒋介石赠“正气长存”匾额。拈花寺僧人为他暂厝守灵七年，才得以安葬吴家在玉泉山西麓西红门村的墓地。
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吴佩孚墓地，在玉泉山西的一片菜地里
过去寺庙“暂厝”是一项经营业务，针对由于某种原因暂时不能下葬的亡人，将其停灵在寺院，称“暂厝”。一个原因是请僧人念经超度，代为保管，另一个原因是要等待合适的机缘发送（如等待至亲亲属或者发送原籍等）。寺院负责发送前的这段时间灵柩管理，并按照保管天数收取费用作为寺院收入。吴佩孚灵柩一放七年，是基于他生前对拈花寺的供养与寺院结下的深厚渊源。
拈花寺这个名称是一个寓意深奥的佛寺名称，是由清雍正帝赐额，取自佛教禅宗“拈花一笑”之典故。它说的是彻悟之事，一是指对禅理有了透彻的理解，二是指彼此默契、心神领会、心意相通、心心相印。“世尊在灵山会上，拈花示众，是时众皆默然，唯迦叶（音she）尊者破颜微笑。世尊曰：“吾有正法眼藏，涅盘妙心，实相无相，微妙法门，不立文字，教外别传，付嘱摩诃迦叶。”[注1]
雍正皇帝取“拈花”二字可能是出于学佛途中的困惑，祈望能有顿悟之时，向往能有“拈花一笑”这般高层级的境界。在京城，雍正赐额的寺院还有觉生寺，即今天收集了大量铜钟的大钟寺，雍正帝有云“以无觉之觉，觉不生之生，所谓觉生也”。[注2]从这两个赐额似乎可以看出雍正皇帝的顿悟渴念。
话说拈花寺原本为一间明朝寺院，最初的名字叫“千佛寺”。根据寺内原有两通石碑得知，是明万历辛巳年（1581年）御马太监杨守鲁为从庐山而来的西蜀僧人徧融兴建。根据《日下旧闻考》引用的《燕都游览志》提及的碑文资料[注3]得知：徧融从庐山来京师云游，经御马太监杨守鲁推荐给当时的司礼监，即万历皇帝的“大伴”冯保。冯保上报万历的母亲李太后，在京城优良地段买地建寺，迎请徧融主佛事。李太后以好佛著称，捐助了一大笔金钱，连潞王公主（李太后是她们亲奶奶）也随喜出资。形容当时建好的佛像是“铸毘卢世尊，莲花宝座千佛旋绕四向，若朝者然。铸十八罗汉、二十四诸天，复塑伽蓝、天王等像”。“工始于万历庚辰，浃岁而告成。辛巳秋七月既望”，“万历庚辰”是万历八年（1580年），也就是开工一年后于万历九年（1581年）阴历七月建成。正因为佛座周围的千朵莲花上有千佛旋绕这一特色，故名千佛寺。
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小千佛寺后来成了厂房和酒吧
关于“十八罗汉二十四诸天铜像”，在乾隆中期它们还在寺内。到底是谁铸像？纳兰性德在《渌水亭杂记》里对《帝京景物略》提出的“朝鲜国王所贡”提出不同意见。清人纳兰性德与《帝京景物略》的作者，明朝崇祯时期人刘侗、于奕正生活年代相差不超过几十年，按照纳兰性德的观点，应以当时拈花寺里的明万历碑记载为准，即杨守鲁建寺铸像，而刘侗等从哪里听说是朝鲜国国王进贡佛像并无记载。可见，清康熙年间纳兰性德是亲自去过拈花寺，且记录了碑文内容，而之前的刘侗等人未必亲自考察。
明末四大高僧中的两位——紫柏真可、憨山德清都曾在云游北京时期参礼徧融老和尚，但那是1581年之前的事，千佛寺还没建好，徧融和尚住锡法通寺。其中紫柏法师还通过《祭法通寺徧融老师文》回忆、祭奠徧融和尚。他在徧融和尚坐下学习经教，获得遍融和尚启迪匪浅，大约三年左右。而憨山法师于1571年在26岁时游历北京亦参礼徧融、笑岩（德宝）二巨匠，请示禅要。这些均说明徧融和尚是当时德高望重的禅宗僧人。万历九年（1581年）大石桥胡同的千佛寺建好，迎请徧融和尚住持，加之有万历皇帝母亲李太后的支持，当朝高僧大德威名，千佛寺自然成为当时京城知名寺院，有相当地位。
