正文
授课题目
授课内容
第一天
宏基因学研究的发展和挑战
1
、宏基因组研究的发展历史
2
、典型的宏基因组研究及应用
3
、两种宏基因组研究的策略
4
、宏基因组数据分析中的挑战
5
、数据分析过程中的编程简介
QIIME
在宏基因组分析中的应用（上机操作）
1
．
linux
常用命令使用和上机操作
2
、单样品物种多样性分析
A
）序列聚类
OTUs
（
Operational Taxonomic Units
）
B
）测序深度判定（
Rarefaction Curve
）
C
）物种多样性及丰度分析（
Relative Abundances
）
3
、多样品物种多样性分析，包括以下内容：
A
）多样品
OTUs
比较（
OUT Heatmap
、
Venn
图）
B
）多样品相似度比对（
UPGMA
聚类分析）
C
）多样品群落构成比较分析（柱状图）
D
）
Weighted PCA
（
Principal Component Analysis
）分析
E
）
Unweighted PCA
分析
F
）组间差异显著性分析
第二天上午
基于
shotgun
测序的宏基因组数据分析技术
一、
WGS
测序分析的一般流程
1
流程概览
2
文库构建和测序方式选择
3
质量控制和污染序列去除
4
序列整合和分选
5 NR-BLAST
和
MEGAN
分析
6
序列拼接和基因预测注释
7
循环处理
二、经常使用的数据资源和工具（重点）
1 NR/MG-RAST
和
reference
2 RAPSearch
和
alignment
3 MEGAN
和
classification
4 SOAP-denovo
和
assembly
5 BWA/inGAP
和
mapping
三、数据统计与结果展示（重点）
1
测序量和拼接效率
2
从比对文件中提取信息
3
物种
/
功能分类和组成
4
群落结构多样性
5
聚类和相关性
6
其它
……
四、
WGS
测序分析的典型案例
1
人类微生物组计划
-HMP
2
地球微生物组计划
-EMP
3
反刍动物胃宏基因组
4
环境病毒组和噬菌体
5
从相关案例看
WGS
的优势
五、一些工具的操作演示（上机）
第二天下午
宏基因组研究的难点：宏基因组拼接
\
非拼接策略的数据分析
1.
宏基因组拼接必要性
2.
基因组拼接组装算法原理和流程
3.
宏基因组拼接的特点及难点
4.
基于非拼接的宏基因组研究策略
5.
上机操作，演示
SOAPdenovo2, MetaIDBA
，
SPAdes
等软件的使用
【注】
以上课程信息实际上课为准
【收费标准】
注册费
2800
元
/
人，
包括学费、材料费、上机费。培训期间可免费提供午餐。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。
附近最近酒店为：如家酒店（永丰店），可自行网上预定，住宿自理。
【
报名优惠政策
】
1
、
10.20
日前报名并缴费的学员每人可优惠
200
元；
2
、
3
人以上团体报名每人可减少
200
元；
3
、
4+1
团报，可免费赠送一个名额；
4
、同时报
2
个以上培训班的可额外优惠
200
元；
5
、上面
4
种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
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“
实用生物信息学
”
研讨班通知
如您所知，近年来，以基因组科学为代表的研究工作和技术平台先后获得各项资助，如国家
863
计划、
973
计划、中国科学院知识创新工程、国家重大攻关项目、自然科学基金，等。为了辅助广大科研工作者掌握高通量测序技术原理、实验设计以及后期数据分析技能，北京市计算中心生物计算事业部与军事医学科学院微生物流行病研究所生物信息学研究室联合举办
“
实用生物信息学
”
培训研习班。
主办单位：
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：
北京市计算中心
协办单位：
云计算关键技术与应用北京市重点实验室
医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
军事医学科学院微生物流行病研究所生物信息学研究室
培训地点：
北京海淀区丰贤中路
7
号
3
号楼，北京市计算中心三层会议室
本次课程时间：
2017.11.6-10
上午：
9:30-12:00
下午：
13:00-16:30
|
日期
|
授课题目
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授课内容
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第一天
|
生物信息学导论
|
1
．生物信息学发展简史（重点讲解）
2
．生物信息学主要研究领域（重点讲解）
3
．生物信息学软件和工具
4
．生物信息学重要会议
|
|
生物信息学基础（上机操作）
|
1
、
linux
基础
掌握
Linux
系统下的常用命令
(
重点
)
掌握
linux
环境下软件的安装使用
了解
shell
脚本的编写
2
、
perl
基础
介绍
Perl
的基本元素
Perl
在生物信息中应用示例
(DNA
复制、
DNA
转录、
RNA
翻译
)
|
|
第二天
|
二代测序技术原理及基因组拼接
|
1
、介绍目前主流二代测序仪的测序原理
2
、主要操作流程及特点
3
、序列拼接的技术方法
4
、常用软件及全基因组个性化组装的技巧
|
|
基因组拼接组装（以细菌
/
病毒为例）（上机操作）
|
1
、全基因组组装的流程介绍
2
、原始测序数据的预处理
3
、分别介绍
Velvet
和
SOAPdenovo
的使用，并以一株细菌的测序数据为例进行组装
4
、介绍
Newbler
的是使用，并以一个
IonTorrent
测序的噬菌体数据为例进行组装
5
、以细菌的数据为例
,
介绍填补
gap
的方法，包括延伸法，局部拼接法
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第三天
|
基因组重测序与数据分析
|
1
、讲解基因组重测序的概念、目的与应用
2
、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识
|
|
基因组重测序数据分析实例（上机操作）
|
1
、对二代测序数据的解读
2
、数据质量控制及数据过滤
3
、使用
BWA
和
Samtools
进行数据比对并对比对结果进行可视化（重点讲解）
4
、寻找
SNP
和
Indel
并进行注释（重点讲解）
5
、寻找结构变异并对变异进行注释（重点讲解）
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第四天
|
转录组测序与数据分析
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1
、转录组基本概况和技术发展简介
2
、转录组技术流程及技术细节（重点讲解）
3
、转录组应用案例
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|
转录组数据分析实例（上机操作）
|
1
、转录组数据准备和软件介绍及安装
2
、转录组数据的比对（重点讲解）
3
、表达量估计和分析（重点讲解）
4
、后续功能分析简介
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第五天
|
microRNA
测序与数据分析
|
1
、
microRNA
目前的应用、发展历史以及
microRNA
的定义
2
、
microRNA
的生物学过程（重点讲解）
|
