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然而，正义并非总能在转型之后来到。在很多国家，军政府的领导人知道自己下台之后必将遭到新政权的审判，因此会把得到特赦作为交出权力的先决条件。典型的例子就是皮诺切特将军治下的智利。为了确保人身安全，皮将军甚至修改宪法，给自己设置了一个终身参议员的职位，以防新政府临时变卦。最终，他也得以在监狱之外寿终正寝。
在2010年出版的著作《Skeletons in the Closet: Transitional Justice in Post-Communist Europe》中，芝加哥大学政治系的助理教授Monika Nalepa回顾了苏东各国在推行转型正义的过程中经历的各种波折。苏联解体之后，其成员国和卫星国先后实施了“除垢法案”，一方面建立调查委员会，公开历史真相，另一方面禁止当年为秘密警察工作的线人担任公职。
但奇怪的是，尽管要求正义的呼声在新政权建立伊始最为高涨，大部分苏东国家通过“除垢法案”的时间，却都是在转型完成近十年之后。其中，斯洛伐克更是一直拖到了2003年。Nalepa教授在书中提出的观点是，这在很大程度上是因为，这些国家昔日的反对派，也都或多或少地遭到了秘密警察的渗透。比如著名的波兰团结工会，在1981年组织的大规模罢工被镇压之后，就成了秘密警察竭力拉拢的对象。镇压中被捕的大量中层干部，都被迫选择跟当局合作以换取自由。
刚开始，团结工会的领导者们可能还未必知情。但在1989年举行的圆桌会议（当局和反对派就政治转型展开的协商）期间，秘密警察的代表明确地道出了这一事实，并以此要挟团结工会做出让步，不再追究旧政权的历史责任。Nalepa教授认为，这就如同是经典的绑架者博弈：绑架犯无意中得知了受害者的不堪过去，从而手中有了足够的筹码，来防止重见天日的受害者选择报警。她把这些隐藏在反对派队伍中的当局合作者，称为“Skeletons in the Closet”。
这些“Skeletons”的存在，却无意之间帮助波兰解决了一个转型期间的老大难问题：博弈各方都难以做出可信的承诺，谈判的结果也毫无约束力。而在波兰，旧官僚们相信，新政府不敢对他们问责，否则不但会伤及自己人，也会削弱其执政的道德基础。因此，旧官僚们才放心大胆地开启了转型进程。
事实上，团结工会在掌权之后，也确实在“除垢法案”的议题上畏首畏尾，犹犹豫豫。1992年，一些未参与圆桌会议的小党派代表联名提出，应该对秘密警察档案加以公开。因为并非所有议员都相信旧政权的威胁，这项议案得到了国会的批准。结果在400多名国会议员中，有61人被查出跟秘密警察有关联，而且其中大部分是前反对派成员。一个月之后，波兰宪法法庭紧急叫停了这项议案。但丑闻已经无法掩盖，在媒体和舆论的压力下， 国会通过不信任投票解散了内阁，并搁置了转型正义的相关事项。
匈牙利的情况跟波兰类似，1956年匈牙利事件之后，该国的反对派始终未能形成一个统一的整体，松散的架构给秘密警察提供了大量可渗透的空间。1989年后的执政党匈牙利民主论坛由于成立时间较久，所受影响也最大。在该党的阻挠下，匈牙利的“除垢法案”长期未能获得批准。
相比之下，捷克反对派就没有那么多历史负担。他们人数较少，也更加精英（多为哈维尔这样的知识分子），很难被当局收买，而捷克的旧政权在苏东各国中也相对脆弱——历史学家Timothy Garton Ash有句名言：“政治转型在波兰花了十年，在匈牙利花了十个月，在捷克只花了十天”——他们几乎是被逼到了谈判桌前。所以，哈维尔领导的新政府在两年之内就实施了彻底的“除垢法案”，对旧政权的成员进行了严厉打击，9000多人被剥夺了参选公职的资格。
