Gromacs教程1-水

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. top 文件，你会看到最后添加了一行 SOL 和number。 SOL 是在 oplsaa . ff / tip4pew . itp 中定义的 moleculetype 的名称。 当我们运行 gmx solvate 时，GROMACS在每个方向2.3 nm的盒子中添加了足够的水分子。

参数文件

现在我们需要一组参数文件，以便GROMACS知道如何处理我们的起始结构。 模拟几乎总是有三个主要部分：最小化，平衡和生产。 最小化和平衡可以分解为多个步骤。 这些都需要它自己的参数文件。 在这种情况下，我们将进行两次最小化，两次平衡和一次生产运行。

我们将要使用的文件可以从这里下载。

我们所有五个文件都有一些共同点。 在每个描述中，我只给出一个非常小的注释。有关每个选项的更多信息，请参阅GROMACS页面。

参数	值	解释
cutoff-scheme	Verlet	用于创建邻近列表。 这是现在的默认设置，但我们在这里提供它以避免任何注释。
coulombtype	PME	使用 Particle-Mesh Ewald for long-range (k-space) 点荷联系.
rcoulomb	1.0	Cut-off for real/k-space for PME (nm).
vdwtype	Cut-off	van der Walls forces cut-off at rvdw
rvdw	1.0	Cut-off for VDW (nm).
DispCorr	EnerPress	VDW对能量和压力的长程校正。

应该设置截断距离，同时要记住力场是如何参数化的。换句话说，看看描述力场如何创造的期刊文章是一个好主意。我们在这里选择了1.0纳米作为截止点，这对于OPLS来说已经足够普遍了，但是您可以确定系统选择其他方法。

此外，在每个部分中，我们还将输出能量文件，日志文件和压缩轨迹文件。输出的速率（在模拟步骤中）分别使用 nstenergy ， nstlog 和 nstxout - compressed 进行设置。我们将在生产运行中输出更多信息。

对于每个部分，除了第二次最小化之外，我们还将通过设置 constraint - algorithm = lincs 和 constraints = h - bonds ，使用LINCS算法约束所有涉及氢的键。这使我们能够使用比其他更大的时间步骤。

对于第一次最小化，我们使用最陡峭下降算法，通过设置 integrator = steep 来最小化系统能量，最大步长为1000步（ nsteps = 1000 ）。如果在此之前能量收敛，则最小化将停止。另外我们进行 define = - DFLEXIBLE 。这让GROMACS知道使用灵活的水，因为默认情况下所有的水模型都是使用 SETTLE 算法为刚性模型。在我们拥有的水模型的拓扑文件中，有一个if语句查找要定义的 FLEXIBLE 变量。第一次最小化的目的是使分子处于良好的起始位置，这样我们就可以无任何错误地打开 SETTLE 。

在第二个最小化中，我们只需删除 define = - DFLEXIBLE 并将最大步数增加到50,000。

最后三部分-两个平衡和生产-都使用 integrator = md 。此外，通过设置 dt = 0.002 来使用2fs时间步长。

对于第一个平衡步骤，有几点需要注意。我们正在添加如下所示的几个参数：

参数	值	解释
gen-vel	yes	根据Maxwell-Boltzmann分布为每个原子位点生成速度。 只为您的第一个平衡步骤生成速度 。这使我们接近我们将耦合系统的温度。
gen-temp	298.15	K中的温度用于 gen -

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