专栏名称: 生信百科
依托高校科研平台,面向生物信息科研工作者。生物信息学习资料;常见数据分析技巧、流程;公共数据库分享;科研思路分享;
目录
相关文章推荐
丁香园  ·  5+3 还是 ... ·  昨天  
51好读  ›  专栏  ›  生信百科

还用NCBI传SRA数据呢?落伍了!

生信百科  · 公众号  · 医学  · 2017-09-15 09:03

正文

请到「今天看啥」查看全文



此步骤可填可不填,点击红色按钮,进行下一步,进入页面如下:




最后一步是O verview 阶段,提交确认,这样,B ioproject 就建立了。



返回可以看到, Bioproject 已经成功建立。


第三步,构建 Biosample


先讲一下B iosample 什么概念,比如我们在四个条件下测的转录组,包括:高盐胁迫、干旱胁迫、低温胁迫、重金属胁迫。这样的四个不同的实验称为四个Biosample。


这样的话,我们需要建立四个B iosample ,假如每一个处理下又存在两个重复,这样的话,一个处理需要 建立两个 Biosample .



点击红框的 Biosample ,下一步,进入页面如下:



点击 New Biosample ,下一步,进入页面如下:



点击 Creat Biosample ,下一步,进入页面如下:



同样的,点击红色按钮, 下一步,进入页面如下:



此步骤注意了,要关联 bioproject 的信息,将上一步构建好的 bioproject 号码填写进去。点击的时候,会自动进行关联,直接选择就好了。




点击红色按钮,下一步,进入页面如下:



选择,进行下一步,进入页面如下:



这一步信息填的稍多一些,耐心填完,星号为必填。



最终还是, overview

没问题,提交!



返回,会看到, biosample 里面已经建立了序列号。


同样的,为了存储四个条件下的数据,我们建立四个 biosample 。这样的话,在 biosample 菜单下会存在四个序列号。如果每个处理有两个重复的话,会有八个序列号。

第四步,Reads提交




点击红色框,进入下一步



点击红框上传,进入页面如下:



新建GSA,下一步,进入页面如下:



填写信息,自己认识的一个别名,提交,下一步,进入页面如下:



这一步注意了,需要构建Experiment。点击,进行下一步,进入页面如下:



假如这四个处理都是在一个bioproject下进行的,那么其余三次选择左边红色方框的内容时候,都需要选择同一个bioproject。然而,四个实验属于同一个bioproject不属于同一个biosample, 所以之前我们要在同一个bioproject下构建四个biosample,传数据时会对每个sample进行关联。


注意:不同重复需要在同一个Bioproject下建立多个biosample。


提交之后,Experiment就构建好了,确认后返回,页面如下:



下一步就是构建run,按照操作步骤往下走就ok了。


构建run结束了,也就是传数据阶段。




填好,刚才我们例子中提供的文件全名和md5信息。记住,一定要全名,包括后缀gz。


根据下面提供的ftp地址,上传就好了(可以使用FileZilla软件),一定要传到GSA文件夹里面,传完之后,就是等待机器审核了。







请到「今天看啥」查看全文