正文
此步骤可填可不填,点击红色按钮,进行下一步,进入页面如下:
最后一步是O
verview
阶段,提交确认,这样,B
ioproject
就建立了。
返回可以看到,
Bioproject
已经成功建立。
第三步,构建 Biosample
先讲一下B
iosample
什么概念,比如我们在四个条件下测的转录组,包括:高盐胁迫、干旱胁迫、低温胁迫、重金属胁迫。这样的四个不同的实验称为四个Biosample。
这样的话,我们需要建立四个B
iosample
,假如每一个处理下又存在两个重复,这样的话,一个处理需要
建立两个
Biosample
.
点击红框的
Biosample
,下一步,进入页面如下:
点击
New Biosample
,下一步,进入页面如下:
点击
Creat Biosample
,下一步,进入页面如下:
同样的,点击红色按钮,
下一步,进入页面如下:
此步骤注意了,要关联
bioproject
的信息,将上一步构建好的
bioproject
号码填写进去。点击的时候,会自动进行关联,直接选择就好了。
点击红色按钮,下一步,进入页面如下:
选择,进行下一步,进入页面如下:
这一步信息填的稍多一些,耐心填完,星号为必填。
最终还是,
overview
。
没问题,提交!
返回,会看到,
biosample
里面已经建立了序列号。
同样的,为了存储四个条件下的数据,我们建立四个
biosample
。这样的话,在
biosample
菜单下会存在四个序列号。如果每个处理有两个重复的话,会有八个序列号。
第四步,Reads提交
点击红色框,进入下一步
点击红框上传,进入页面如下:
新建GSA,下一步,进入页面如下:
填写信息,自己认识的一个别名,提交,下一步,进入页面如下:
这一步注意了,需要构建Experiment。点击,进行下一步,进入页面如下:
假如这四个处理都是在一个bioproject下进行的,那么其余三次选择左边红色方框的内容时候,都需要选择同一个bioproject。然而,四个实验属于同一个bioproject不属于同一个biosample,
所以之前我们要在同一个bioproject下构建四个biosample,传数据时会对每个sample进行关联。
注意:不同重复需要在同一个Bioproject下建立多个biosample。
提交之后,Experiment就构建好了,确认后返回,页面如下:
下一步就是构建run,按照操作步骤往下走就ok了。
构建run结束了,也就是传数据阶段。
填好,刚才我们例子中提供的文件全名和md5信息。记住,一定要全名,包括后缀gz。
根据下面提供的ftp地址,上传就好了(可以使用FileZilla软件),一定要传到GSA文件夹里面,传完之后,就是等待机器审核了。