专栏名称: 实验万事屋
文献总是乏味,科研一向无聊,“实验万事屋”旨在拯救医界同仁于寂寞无聊,每天坚持抖落科研内幕,分享实验心得,搜集科研资讯,激发您的科研兴趣,传授实用的科研方法和思路。做不做科研,从医之路大不同,在这条布满荆棘的科研道路上,我们与您一路同行。
目录
相关文章推荐
科研大匠  ·  国家杰青,任中国科学院大学副校长! ·  4 天前  
研之成理  ·  塑料回收,Nature! ·  3 天前  
51好读  ›  专栏  ›  实验万事屋

自己吓自己,还以为我博士生导师要让我做相分离!看完这南方医科大23.5分的Nature大子刊,他说让...

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2025-06-08 08:20

主要观点总结

本文介绍了南方医科大学广东省人民医院与中山大学博士研究生在Nature子刊《Nature Cancer》发表的研究,聚焦于液液相分离(LLPS)在三阴性乳腺癌(TNBC)中的机制。研究以“H基因”为切入点,探讨了其LLPS现象、假设提出与验证、机制探究及下游效应等。

关键观点总结

关键观点1: 研究的背景与核心内容

文章介绍LLPS及其在三阴性乳腺癌(TNBC)中的作用,特别是“H基因”在其中的角色,及其与液液相分离的关系。

关键观点2: 假设的提出与验证

研究假设“H基因”的LLPS可能通过调控TNBC的表观修饰引发转录组变化。为研究此假设,文章采用抑制剂进行实验验证,并探究了“H基因”的IDRs及磷酸化位点的作用。

关键观点3: 机制探究与柯霍氏法则的应用

研究通过一系列实验探究了“H基因”的LLPS机制,涉及IDRs、磷酸化位点、核定位等。柯霍氏法则在验证过程中得到应用,如通过抑制剂筛选实验确定“H基因”与表型之间的关联。

关键观点4: 研究的深入与细化

除了对“H基因”的LLPS机制的研究,文章还探讨了其下游效应,如染色质结构的影响、转录组改变等。并指出了研究中存在的改进空间,如ATF3验证环节的逻辑偏差。

关键观点5: 研究意义与参考

该研究展现了LLPS在肿瘤表观遗传调控中的新机制,尽管存在改进空间,但其整体研究框架为领域提供了重要参考。


正文

请到「今天看啥」查看全文


)。此外,该 IDR1 区域毗邻核定位序列(NLS)与出核序列(NES),实验表明 NES 缺失可显著提高 “H 基因” 的 LLPS 效率,提示核定位是 LLPS 形成的关键环节:
图片


在抑制剂筛选实验中,选择性 “H 基因” 抑制剂 NA(Nexturastat A)被证实可特异性抑制 “H 基因” 的 LLPS,而其他抑制剂无此效应( 这其实就是柯霍氏法则的验证,通过抑制剂的抑制,来确定这个  “H 基因” 与表型之间的密切关联性,不清楚柯霍氏法则的话可以看看《轻松的文献导读》和《科研的推理和逻辑》 ),且 NA 能有效抑制 TNBC 细胞增殖:

图片

NA 作为研究工具,被用于解析 “H 基因”LLPS 的分子机制。通过质谱分析 NA 处理前后的蛋白互作网络,筛选出 14-3-3θ 和 importin-β 两种关键蛋白:前者促进磷酸化 “H 基因” 的 LLPS 聚集,后者介导 “H 基因” 的核转运过程:

图片

在下游效应研究中,鉴于 “H 基因” 的组蛋白去乙酰化酶属性,研究聚焦于 LLPS 对染色质结构的影响。结果显示,NA 抑制磷酸化 “H 基因” 的 LLPS 后,染色质互作模式发生显著改变:

图片

进一步转录组分析表明,LLPS 抑制导致染色质可及性重新分布,伴随肿瘤抑制基因上调、原癌基因下调及免疫调节剂激活的转录重编程现象( 这也是通过归纳法,对于LLPS抑制引发的下游功能进行了转录组的统计和验证,通过归纳分析来确定下游的主要功能影响,不清楚归纳法的话,可以去看看《列文虎克读文献》和《科研的推理和逻辑》

图片

研究最后聚焦于原癌基因 ATF3 的验证环节。( 尽管实验试图建立 “H 基因”LLPS 与 ATF3 表达的关联性,但验证逻辑存在偏差 —— 原命题应为 “H 基因的 LLPS 通过 H3 去乙酰化促进 ATF3 表达”,而实验仅通过敲减 ATF3 验证 “LLPS 导致 ATF3 表达增加”,可能引入 “肯定后件” 的逻辑漏洞,不清楚肯定后件逻辑谬误的话,可以去看看《科研的推理和逻辑》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼?》系列 。更严谨的验证需通过 CRISPR 技术特异性调控 ATF3 的 H3 组蛋白乙酰化水平:


图片 研究最终构建的机制模型如下:磷酸化 “H 基因” 在 importin-β 介导下入核,通过结合 14-3-3θ 形成 LLPS,进而通过组蛋白乙酰化修饰重塑染色质结构,激活 ATF3 等原癌基因转录,驱动肿瘤进展:
图片







请到「今天看啥」查看全文