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1924年广州黄埔军校招生，自幼就有报国雄心并且参加过五四运动的邱清泉立即中断了在上海大学的学业，投笔从戎，考入黄埔军校第二期工兵科。
1925年邱清泉随部参加了淡水之役、棉湖之役。6月参加了平定杨希闵滇军、刘震寰桂军叛乱。9月，从黄埔军校毕业，担任第一纵队第1师工兵队少尉排长兼连党代表。不久就随部队参加第二次东征。
1927年5月，宁汉分裂，邱清泉被认为是南京蒋介石的部下，被武汉当局关押，后来逃出回到南京，又被国民革命军总司令部关押，他写信给蒋介石之后才获释……
1931年4月，升任第10师第59团上校团长。1931年8月，调任豫鄂皖三省剿匪总司令部政治训练处训练科上校科长。1932年兼任江西庐山军官训练团工兵组组长，负责讲解碉堡战法。1933年11月，升任中央陆军军官学校政治训练处少将处长。
1934年5月，参加赴德国留学生考试，名列第一名。7月，前往德国留学，先进入工兵学校接受工兵专业训练。1935年10月，进入德国陆军大学深造。
在德国陆军大学的学习经历，使邱清泉接受了系统的军事理论学习，为他日后编著军事理论著作打下了坚实的基础。
所以，邱清泉可以称得上是文武兼备，而且学兼中西，是当时中国军队中少有的受过高等军事专业教育的人才。
