Immunity研究：如何从ScRNA-Seq和ATAC-Seq数据出发，讲好组织驻留记忆T细胞的增...

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）T细胞表型的细胞与改善患者预后有关 。本研究通过单细胞 RNA 测序和单细胞 ATAC 测序，揭示了调控 Trm 样 TIL 形成并由增强子驱动的基因调控网络，发现 KLF2 抑制 Trm 样 TIL 的形成，而 BATF 则促进其形成。此外， TGF-β 信号和 CD103 表达对 Trm 样 TIL 形成至关重要。

背景：在肿瘤治疗中， TILs 的存在与患者的预后密切相关。特别是那些具有 Trm 表型的 TILs ，它们在多种实体瘤中表现出强大的抗肿瘤功能，并且对免疫治疗反应良好 。然而，这些 Trm 样 TILs 的形成机制尚不清楚。为了深入理解这些细胞的分化和适应机制，本课题从单细胞水平上解析了它们的基因表达和表观遗传特征。

1.构建多组学单细胞图谱

为了深入了解 CD8+ T 细胞在感染和癌症中的分化和适应，研究团队 使用 scRNA-seq、 scATAC-seq 测 序 技术，对多种感染模型和肿瘤模型中的 CD8+ T 细胞进行了分析 。选择了淋巴性脉络膜脑膜炎病毒（ LCMV ）感染模型来模拟急性感染和慢性感染，同时构建了多种表达 LCMV GP33-41 抗原的肿瘤模型。通过对这些模型中 P14 T 细胞的分析，发现 TILs 在基因表达和染色质可及性上与慢性感染中的耗竭 T 细胞有相似之处，但同时也表现出与 Trm 细胞相似的特征。 这表明 TILs 可能在肿瘤微环境中获得了类似 Trm 的特性。

2.揭示 Trm 样 TILs 的分子特征

基于单细胞多组学数据，进一步分析了 TILs 与 Trm 细胞之间的分子关系。发现， TILs 与慢性感染中的耗竭 T 细胞共享许多基因表达特征，同时也表现出与

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