正文
Iafrate 教授还开发过一个 PCR 方法用于检测点突变，和 FISH 一 起在分子病理实验室里使用，AMP 发明半年后他就决定把这个方法 替换掉，使用 AMP 方法进行肿瘤基因的分子病理检测。AMP 技术已 于 2013 年由麻省总医院向美国专利局提交专利申请，2016 年 11 月 拿到了授权。该专利的所有人是麻省总医院，独家授权给了 Archer DX 公司使用，这家公司是恒特的合作伙伴。
接下来比较 FISH 和 AMP 各自的特点。FISH 通过荧光颜色变化来 人工判断是否发生了基因融合，但是对融合断点的分辨率差，还有一 个缺点是人工判读容易出错，培养一个能够准确判读片子的病理学家 非常耗时间。
AMP技术把各种基因的组合做成一个Panel，检测多个基因，对感兴趣的基因进行靶向测序，发现未知基因序列和癌基因的融合，在分子水平上获得确凿证据，并且用算法来客观判读。
文章中比较了四个基因：ALK、ROS1、RET、PPARG的融合现象。与标准的检测方法FISH相比较，AMP显示出其在临床灵敏度和特异性方面的优越性能。针对23个目标基因的检测，56例FISH阳性的FFPE样本，AMP均为阳性，临床灵敏度为100% (95% CI：96.5%-100% ) 。273例FISH阴性样本，结果均为阴性，临床灵敏度为100% (95% CI：99.3%-100% )。AMP对FISH不确定的案例也做出了准确判读。此外，AMP的检测成功率97%，由986份临床样本实测数据统计出来的。
这说明，第一 AMP 和 FISH 结果吻合。第二 AMP 在一些情况下比FISH表现更好更准确。
AMP 对新型基因融合的发现能力非常强。
刚发现 ALK 基因融合时，人群中的突变比例大约是 1%。现今 ALK 融合占了 4%到 5%，所以新型基因融合类型的发现不只是学术上，对 病人、医生以及药企来说意义也非常明显。
AMP对新型基因融合的发现能力非常强，在这篇文章中发现ROS1有很多新型的融合断点，包括和其他一些基因的重排。这些在临床病理上的意义是非常显著的。
我们知道ALK基因刚开始被发现有融合的时候，当时发现人群中的突变比例大约是略超过1%。所以，当初开发针对ALK靶向药克唑替尼的时候就比较犹豫。现今ALK重排占到了4%到5%之间，比当初发现的时候高出了很多，对病人、医生以及药物研发企业来说是非常有利的现象，所以新型基因融合的发现不要简单认为只是学术上的内容，对临床和经济及社会方面的作用也非常明显。
这
张幻灯片是 ASCO2107 上发表的 关于新药 LOXO － 101 与 NTRK 基因融合突变的内容，进一步证明了发现新型基因融合的意义。关于 LOXO－101 的临床试验对 NTRK1/2/3 三个基因进行了 “篮子试验”，不是根据病理或临床分期，只要是 NTRK 融合阳性就 可以进入药物试验，采用分子检验入组，这和传统的病理入组就颠倒过来了。
AMP可以对其它多种突变类型进行检测，包括点突变、插入／缺失、拷贝数，以及表达不平衡。AMP使用了单分子标签（MI）技术降低检测过程中的误差。单分子标签近来谈得很多，其实在多年前就成熟地运用了。不使用MI技术，低于3%－5%的突变频率检测结果就不可靠。
