不做实验SCI论文发发发系列之——ceRNA网络

正文

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1、从GEO数据库获取芯片测序数据

2、筛选差异基因

3、预测miRNA-lncRNA关系和miRNA-mRNA关系

4、构建ceRNA网络并分析网络拓扑结构

下面进行每一步的详细解读

1、从GEO数据库获取芯片测序数据

作者一共从GEO上获取了4份芯片数据，分别是两份miRNA数据、一份lncRNA数据、一份mRNA数据。

2、筛选差异基因

为什么是两份miRNA数据？我们可以看到，作者的ceRNA网络是从miRNA出发来找mRNA和lncRNA，所以miRNA的数据尤为重要，故而作者选取两份miRNA筛选差异基因取交集以增加数据的可信度。所有的差异基因筛选都是根据类风湿性关节炎和非类风湿性关节炎进行分组，筛选标准为P-values<0.05和fold change>2。

3、预测miRNA-lncRNA关系和miRNA-mRNA关系

miRNA与lncRNA的关系，作者通过RNAhybrid program这一软件预测完成，这一预测工具主要是基于miRNA与lncRNA结合的最低自由能(minimum
free energy, MFE)来预测二者之间结合能力的强弱。miRNA与mRNA的关系则是通过miranda和targetscan两个在线工具进行预测。

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