Cancer Cell｜郭天南团队联合荷兰Jimenez团队发布泛癌蛋白质组图谱

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，定量 9,670 种蛋白质，构建了覆盖广泛的泛癌蛋白质组图谱。

降维分析 （ UMAP ） 和层次聚类结果显示，样本在蛋白质表达谱上按癌种聚类，且能够有效区分实体瘤与非实体瘤，且不同实验室来源的同癌种样本亦可聚类在一起，说明聚类结果主要反映癌种的分子差异 （而非批次效应） 。

进一步进行单样本基因富集分析 （ ssGSEA ） 重现了多种癌种已知的生物学特征，如前列腺癌中雄激素通路活跃、乳腺癌中雌激素响应增强、肝癌中胆汁酸代谢相关通路富集等。

作为应用实例，研究还挖掘了与 E3 泛素连接酶相关的表达模式，发现多种 E3 酶在特定癌种中高表达 （如食管癌中的 HERC5 、肝癌中的 RNF5 ） ，这些蛋白与多种致癌信号通路和免疫、代谢过程密切相关，提示其有望用于蛋白降解类药物 （如 PROTACs ） 的靶点开发。

2. 共表达网络揭示 13 个癌相关蛋白模块

研究通过 WGCNA 方法共识别出 13 个蛋白协同表达模块，不同模块在各类癌症中呈现特异性表达模式。模块 1 – 4 主要与细胞黏附和免疫 / 炎症反应相关，广泛存在于实体瘤中，反映肿瘤微环境的重要作用。模块 5 和 6 则在结直肠癌中显著富集，前者涉及糖基化及细胞连接过程，包含 Wnt 信号通路关键蛋白β -catenin 和糖胺途径酶 GFPT1/2 ；后者则关联应激反应，包含热休克蛋白 HSP90AA1/AB1 等潜在药物靶点，并涉及线粒体功能和胞外囊泡分泌。

模块 7 表达范围较广，但与肝组织特征显著相关，主要涉及线粒体代谢与小分子代谢，提示其在多种肿瘤中的基础代谢功能。模块 10 则活跃于鳞状上皮癌 （如宫颈癌、头颈癌和食管癌） ，富含角蛋白等上皮结构蛋白。模块 12 主要在血液肿瘤 （如 ALL 、 DLBCL ） 中高表达，涉及淋巴器官特征及免疫应答调控，核心蛋白包括 PTPN6 、 DOCK2 、 IL16 等，参与 T 细胞迁移、信号转导和免疫调节。

此外，血癌还在模块 9 、 11 、 13 中表现出较高活性，这些模块主要与细胞周期、基因表达和抗原呈递等基本生物过程相关。

总体而言，该分析揭示了不同癌种的特异性功能蛋白网络，并识别出一批可能具有转化潜力的新型枢纽蛋白，为靶向治疗提供了候选靶点和生物学基础。

3. 免疫浸润分析揭示肿瘤免疫异质性

ESTIMATE 算法结果显示，非实体肿瘤的免疫评分最高，实体瘤中黑色素瘤呈“免疫热” （ immune “ hot ”） 特征，而前列腺、脑和卵巢癌为典型“免疫冷” （ immune “ cold ”） 肿瘤。

ssGSEA 免疫分析揭示癌种间及同种癌内均存在免疫浸润差异。 Tamborero 免疫特征在蛋白质组学数据中表现最佳，能够有效区分实体瘤与非实体瘤，识别 ALL 和 DLBCL 中的

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