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华大基因 BGI Online 金鑫主讲:基因大数据的起源、现状与未来

火石创造  · 公众号  · 医学  · 2017-05-22 08:18

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我们都说基因是上帝的语言,在说基因之前,我先给大家看一块石碑,这块石碑叫罗塞塔石碑,已经保存了 2200 多年,大约是公元前 197 年制作的,其上面刻有多种语言:希腊文字、埃及象形文字、也有当时埃及的民间文字、罗马文字。实际上,石碑是迄今为止已知的保存信息最长久的一种载体。

我们身体里有很多细胞,每个细胞里都有一个完整的基因组,基因组上所承载信息的载体是 ATCG 这四个非常简单的基本单元,我们称之为碱基。从地球上有生命起,绝大部分已知的地球生物都是通过 DNA 的形式来承载我们生命的全部秘密,但所谓的承载和传递并不是只做一次记录,更多的是通过不断的复制把它传递下去,而且传递过程并不是非常精确的完整复制过程,这使得如今整个地球上的物种成千上万、丰富多彩。

基因的起源

很多年前,人类就开始了读基因天书的努力。


在 20 世纪,人类有三大科学创举:1945 年的曼哈顿原子弹计划、1969 年的阿波罗登月计划和 2000 年前后完成的人类基因组计划。


从一开始,我们就是人类基因组计划中的一份子,当时一共有 6 个国家参加,美、英、法、德、日、中,中国是唯一一个参与人类基因组计划的发展中国家。1999 年 9 月 9 日,华大基因为完成人类基因组计划中国部分那个 1% 而成立的。当时要去读取人的基因数据,需要做一个完整的人类基因参考序列,就像一个地图导航坐标系一样,这其实是非常困难的。6 个国家成百上千科学家花费了 13 年时间和 30 亿美金才完成了第一个人的基因组测序,当然,这个过程中,也带来很多相关学科、技术和产业的发展。我想给大家讲的是,2000 年之前,读一个人的基因数据要耗巨资需要十几年的时间。


如今,是一个数据的时代,一个互联网的时代,一个智能的时代,而所有这一切的核心是我们今天讲的数据。


相比其他数据,基因数据的产生有很多特别的地方,基因数据的获取需要一个特别的设备——基因测序仪。2015 年 10 月份,中国第一款的国产自主知识产权的基因测序仪问世,这就是华大研发的。


其实,过去几十年,如同很多的高精尖医疗设备和其他大型设备一样,基因测序仪其实大部分依赖进口。而如今,全球只有两个国家三家公司能够量产临床级别的基因测序仪,两个国家是美国和中国,三家公司是 illumina、赛默飞世尔和中国的华大基因。


很多人都非常熟悉摩尔定律,价格不变时,集成电路上容纳晶体管数量 18 个月增加一倍。而在 2007 年前后,基因测序技术的大突破使得基因测序成本飞速下降,下降速度甚至超过了摩尔定律的斜率。


这个图是截止到 2011 年的 1 月份的,而如今,这条线已经基本上跟坐标轴的最底部平齐,也就是说读取一个人的基因数据成本已经低于一千美金了。我们相信随着技术的进一步提升、生产进一步规模化,我们还有机会把它变得更便宜。







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