不同细胞系下 HCPs 在单克隆抗体生产中的差异与共性

生物制品圈 · 公众号 · 生物 · 2025-05-28 15:54

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       Sciex 仪器
      
      ：HCCF 样本用 DDA 鉴定、SWATH 定量；纯化样本用 DDA 鉴定。

    
       Thermo Scientific 仪器
      
      ：HCCF 样本用 DDA 进行鉴定和定量。

    
       数据处理
      
      ：通过特定软件和算法，对质谱数据进行蛋白质鉴定和定量分析。

   
      三、研究结果：HCPs 的多样特性与规律

   
      （一）蛋白组数据概览

   
     ELISA 检测显示，HCCF 样本中 HCPs 总浓度差异大；LC - MS/MS 的 SWATH 模式检测到的 HCPs 数量在 525 - 1410 之间（图 1）。Protein A 洗脱步骤大幅降低 HCPs 总浓度，但仍有大量 HCPs 残留；两次抛光步骤后，产品纯度显著提高（表 1）。

   
      （二）HCCF 样本中 HCPs 定量：SWATH 与 DDA 比较

   
     SWATH 模式定量的 HCPs 数量多于 DDA 模式（图 1），且重复性更好：SWATH 模式下，HCPs 浓度变异系数（CV）超 20% 的比例仅 8 - 15%，而 DDA 模式为 45 - >80%（图 2）。虽然两种方法在部分 HCPs 定量上有一致性，但也存在差异，如部分 HCPs 在两种方法中的丰度测量值相差 5 倍以上（图 3，表 S2）。

（三）HCCF 样本中 HCPs 丰度比较：SWATH 视角

   
     基于 SWATH 结果分析发现，不同细胞系生产的 mAbs 的 HCCF 样本中，HCPs 检测存在差异。同一细胞系 A 生产的 mAb1 - 3 的 HCCF 样本中，共定量 1157 种 HCPs，其中 474 种相同（图 4）；mAb4 - 7（细胞系 B - E）的 HCCF 样本共鉴定定量 1471 种 HCPs，七种 mAbs 的 HCCF 样本总计 1510 种 HCPs，且有 415 种 HCPs 在所有样本中均存在（图 6）。